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目前藻類問題普遍存在于世界各國的水處理實踐中，藻類含量高時會影響混凝和沉淀，增加混凝劑量；堵塞濾池，縮短濾池過濾周期；致臭并產(chǎn)生藻毒素，和氯作用形成氯化消毒副產(chǎn)物，降低飲用水安全性。



臭氧發(fā)生器處理作用之一是溶裂藻細胞，二是殺藻，使死亡的藻類易于被后續(xù)工藝去除。臭氧發(fā)生器可作為除藻的一種預(yù)處理方法，它和常規(guī)處理及其它技術(shù)配合使用是處理富營養(yǎng)化水源水藻類問題的有效途徑之一。藻毒素正成為藻類污染問題的另一重點，在一定條件下臭氧發(fā)生器可有效去除某些藻毒素，具體去除率主要取決于臭氧發(fā)生器投加量，其次取決于原水水質(zhì)(藻毒素類型、有機物性質(zhì)及濃度、堿度等)。

在使用臭氧發(fā)生器測試結(jié)果表明，利用臭氧發(fā)生器處理30分鐘含40－50萬個/ml單胞藻及原生動物的海水以后，再用顯微鏡觀察發(fā)現(xiàn)其所有的原生動植物呈爆炸性死亡，把經(jīng)過水處理臭氧發(fā)生器處理的海水繼續(xù)培養(yǎng)兩個星期以后檢驗測試仍未發(fā)現(xiàn)生物，且水質(zhì)清澈透明，取赤潮海水進行30分鐘臭氧處理后紅色赤潮海水被氧化變?yōu)榘咨该?，水中夜光蟲全部被殺死且呈粉碎狀。