水產養(yǎng)殖廢水往往會加劇鄰近水域水體富營養(yǎng)化，導致養(yǎng)殖水體及周圍水域生態(tài)嚴重失衡及環(huán)境急速惡化。養(yǎng)殖廢水中高氨氮污染源的來源主要為養(yǎng)殖對象的排泄物和殘余的食料等。水產養(yǎng)殖廢水中主要的污染物有氨氮、亞硝酸鹽、有機污染物、磷及污損生物。與工業(yè)、生活污水不同，水產魚污水屬污染物成分簡單的低濃度有機污水，BOD一般不超過80mg/L。但水產生物對水質的要求較高，氨氮和硫化氫是育苗水體中zui普遍的有害物質，水體中的氨氮和硫化氫濃度會隨著育苗的進行而逐漸升高。氨氮是水產生物的排泄物，也是殘餌、糞便以及動植物尸體等含氮有機物分解的終產物。硫化氫則是由于含硫有機物在缺氧條件下，由厭氧細菌分解形成。水質和底質敗壞而誘發(fā)弧菌等致病菌的大量繁殖，導致疾病發(fā)生；更多的是由于生態(tài)系統(tǒng)的破壞和放養(yǎng)密度的增加而導致生態(tài)失衡的綜合因素所致，水生物的抗病力降低，造成更易感染致病菌。

水產養(yǎng)殖廢水的處理方法，其中包括物理、化學處理方法和生物膜法、耐鹽植物處理法、人工濕地處理法、沉淀-貝類過濾-藻類吸附的綜合處理法等。此外，還有專門針對懸浮顆粒物的處理方法。